Science des données biologiques

Réalisé par le service d'Écologie numérique des Milieux aquatiques, Université de Mons (Belgique)

Préambule

Si vous n’avez jamais utilisé de tutoriel “learnr”, familiarisez-vous d’abord avec son interface ici.

Conformément au RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collectés afin de suivre votre progression. Les données seront enregistrées au nom de l’utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire ! En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.

Objectifs

Ce tutoriel interactif a pour objectif de pousser votre curiosité au delà des instructions de base, afin de réaliser un nuage de points plus complexe.

En partant du graphique ci-dessous portant sur Paracentrotus lividus, il est naturel de se demander si l’on ne peut pas amélorer ce graphique afin de la rendre plus informatif.

Variation de la masse du squelette en fonction de la masse totale de *Paracentrotus lividus* Lamarck 1816

Variation de la masse du squelette en fonction de la masse totale de Paracentrotus lividus Lamarck 1816

Le jeu de données urchin_bio portant sur la biométrie d’oursins est assigné à urchin. Les variables employées pour ce premier graphique sont la masse du squelette (skeleton) et le masse totale (weight). Ce jeu de données sur les oursins comprend deux populations l’une provenant du milieu naturel et l’autre d’élevage. Vous pouvez donc employer la variable origine (origin) afin de rendre votre graphique plus informatif. Vous pouvez cependant encore allez plus loin.

Variation de la masse du squelette en fonction de la masse totale de *Paracentrotus lividus* Lamarck 1816

Variation de la masse du squelette en fonction de la masse totale de Paracentrotus lividus Lamarck 1816

Challenge

Challenge 1

# Importation des outils pour réaliser nos analyses
SciViews::R()
# Importation des données 
urchin <- read(file = "urchin_bio", package = "data.io", lang =  "fr")
# Réalisation d'un graphique de type nuage de points
chart(urchin, formula = skeleton ~ weight %col=% origin) +
  geom_point(na.rm = TRUE)

En partant du graphique ci-dessus, tentez de modifier les couleurs employées pour différencier les oursins du milieu naturel et d’élevage. Utilisez la couleur rouge (red) et la couleur bleue (blue).

Reproduisez le graphique ci-dessus

# Not yet...

Challenge 2

Tentez de modifier les couleurs employées pour différencier les oursins du milieu naturel et d’élevage. Utilisez la couleur jaune (dont le code est #999999) et la couleur grise (dont le code est #E69F00).

Reproduisez le graphique ci-dessus

# Not yet...

Challenge 3

Reproduisez le graphique ci-dessus

  • Utilisez la couleur jaune (dont le code est #999999) et la couleur grise (dont le code est #E69F00).

  • Traduisez sur votre graphique Farm (Elevage) and Fishery (Milieu naturel)

# Not yet...

Conclusion

Bravo! Vous venez de terminer votre premier challenge dans un tutoriel “learnr”.

Voici ci-dessous les instructions pour réaliser le graphique de challenge 3. La fonction à employer est scale_color_manual()

chart(urchin, formula = skeleton ~ weight %col=% origin) +
  geom_point(na.rm = TRUE) +
  scale_color_manual(values = c('#999999','#E69F00'), labels = c("Elevage", "Milieu naturel"))

Laissez nous vos impressions sur cet outil pédagogique ou expérimentez encore dans la zone ci-dessous. Rappelez-vous que pour placer un commentaire dans une zone de code R, vous devez utilisez un dièse (#) devant vos phrases.

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# ...
# Not yet...

Guyliann Engels & Philippe Grosjean